計畫重點
隨著各個物種的基因體序列解碼完成，許多解決生物醫學問題之新方法陸續發展出來。因為蛋白質位居細胞功能調控的主要樞紐，蛋白體學便成為研究者高度興趣的研究課題。在後基因體時代，了解蛋白質的特性後就可連結到其對應的基因，也就是說瞭解一特定蛋白質的功能也就明瞭其對應基因的功能。
蛋白體學實為功能性基因體學的集合，旨在研究物種當中的多種蛋白質表現調控。這些研究將基因體序列和基因功能之間的關係闡明，因此世界上已經有許多蛋白體核心設施投入此方面的研究工作，國立台灣大學執台灣學術研究之牛耳，因此建立蛋白體核心設施提供蛋白體以及生物資訊方面的服務，並引進了新型的質譜儀技術作為蛋白質定性及定量方面的分析工具，包含了胜肽序列，後修飾作用，以及蛋白質之間的交互作用皆可得到更詳細且深入的瞭解。再者，核心設施並提供蛋白質分離技術，相關的生物資訊以及資料處理方面的參考。我們並不斷進行癌症及重大感染性疾病方面相關的蛋白體研究以提供此類疾病的研究基礎。透過對於疾病的徹底瞭解以及新的發現，對於研究新的治療方式和早期偵測將會有很大的助益。綜合以上所述，蛋白質核心設施即是以提供生化研究以及臨床應用方面的全方位支援，以利研究癌症，感染性疾病的發病機轉，和新藥開發。