主要目標
（一）發現與疾病相關的蛋白質和基因，可用來作為藥物開發的新標靶或作為人類疾病的生物標誌，如癌症和感染性疾病等。可以協助鑑定或預測新藥物可能引發的副作用，避免昂貴且冗長的臨床試驗。
（二）由體液中發現的蛋白質變異，可用來作為疾病評估和監控的生物標誌。測量生物標誌的變化可作為新的診斷依據。
（三）由組織樣本分離蛋白的標準化方法之建立，可提高高通量規模和再現性，以建立具有可信度並可長期儲存和檢索的蛋白表達圖譜。
（四）藉由蛋白體學進行訊息傳遞網絡的全面性分析。
（五）發展蛋白體研究和功能性基因體學的專業知識並協助博士後研究人員的培訓計劃。
（六）透過研討會和講習的多重教育方式，傳播新的蛋白體相關技術以及提供相關研究人員的養成培訓。