感染症為世界上最盛行的人類疾病。雖醫學進步，時至今日，愛滋病、B型肝炎、肺結核、瘧疾等仍到處肆虐。而有些感染症病原體如肝炎病毒、EB病毒、幽門桿菌等，亦被證實和癌症之發生有密切關係。如何預防、控制及治療，是很迫切的問題。好發的感染症的病原通常具有1. 基因演化快 2. 人群傳染快的特性。但我們從很多案例中發現相同的病原體對於不同的宿主會有不同感染程度，這暗示了我們一個感染性疾病的發生，有可能和人類個體與感染源基因體間所發生的交互關係有關。例如：非洲人的鐮刀型血紅素基因型有利於對抗瘧疾；或對HIV受體不同基因型的人群對HIV感受力有別。而病原體的基因變化也與感染症有關，例如某些流行性感冒病毒的基因變異會造成大流行。為了更了解感染性疾病是如何發生，我們必須宿主及病原的基因體切入。在目前人類基因體學研究已經到達一個較成熟的階段下，我們所擁有的技術也讓我們可更容易去研究更微小的感染源基因體，因此現在正是對的時機去做感染性疾病的基因體學研究。

　　本核心實驗室著重於微生物之致病相關基因體研究，嘗試增加臨床病徵的搜集並擴充生物檢體的資料庫，利用基因體學上的策略針對感染性疾病未解決的問題進行研究。此外本核心實驗室已建立多種可應用於微生物基因體學分析之技術，包括高效率高準確性的全自動機器手臂核酸萃取、病毒即時定量及基因分型檢驗、建立細菌表現及突變基因庫、細胞破碎、核醣核酸切段、自動化菌落挑取系統等。基於核心實驗室之角色，這些技術均已開放產業界與學界相關研究之技術支援及服務。然而事實上，宿主與微生物兩者基因的影響因子皆會對臨床所觀察到的結果有不同的影響，並且也會影響到數種致病微生物感染後的治療反應。故本實驗室更進一步將這些技術應用於感染性微生物所造成之感染症疾病之研究，尋找宿主及微生物基因體之多型性差異或特殊基因變異，足以影響宿主及微生物間交互作用，造成不同宿主臨床表徵歧異之原因。具體之研究成果包括早期參與SARS防疫工作之研究，亦鑑定出不同B型及C型肝炎病毒基因型與特定位點突變和肝癌發生危險性之間重要的關連性。同時建立人類感染症的動物模式，包括慢性肝炎的模式及肝癌的土撥鼠及小鼠動物模式，以及在細菌部份建立克雷伯氏肺炎桿菌引起化膿性肝膿瘍之小鼠動物模式，並清楚界定其致病相關基因及致病機制。此外研發創新Chip-PCR 及Convective PCR的設備並應用於病原微生物之快速檢測。對於臺灣感染症防治，包括肝炎病毒之擴散與肝癌之治療等貢獻卓著。

　　本核心實驗室除了提供既有服務之外，亦同步研發與微生物基因體學研究相關之實用技術，期望能有效協助全世界之微生物相關研究進行。包括利用已建立人類感染症之動物模式，進行宿主及微生物基因體之全面性分析研究，尋找具關鍵性影響宿主及微生物間交互作用，如：免疫反應、疾病進展、及對藥物治療之反應等相關之新穎機制。並且也嘗試利用簡單物種，包括線蟲及果蠅之動物模式進行微生物基因之功能性研究，找出關鍵調控機制，以進一步進行藥物研發，期望達到有效預防及治療感染症疾病。此外，有鑒於技術之更新趨勢，本實驗室引進微生物蛋白質之分析，以協助探討微生物於宿主體內因應宿主免疫或藥物處理所產生之基因體變異及演化之課題，以及協助釐清微生物特定蛋白質之特性改變對微生物及感染症病致病機轉之確切影響。同時更繼續開發研究微生物檢測之新技術，包括依使用者要求成功研發丁型肝炎病毒(HDV)及戊型肝炎病毒(HEV)之偵測及定量定型檢測方法。另一方面，也提出以本實驗室已建立克雷伯氏肺炎桿菌莢膜型特異噬菌體分離與其莢膜醣解酶選殖表現之技術平台，提供細菌莢膜特異噬菌體分離與其莢膜醣解酶選殖之服務，並研發針對多重抗藥性菌種之有效噬菌體療法，及對於細胞免疫之治療性疫苗等進行研究。